Лицей «Ковчег-XXI» был создан в 1992 году сразу после принятия закона о частном образовании в России — без поддержки структур и инвесторов, по инициативе нескольких родителей, которые хотели для своих детей другую школу: умную, честную и добрую. Начав с небольшого пространства в Красногорске и пройдя путь через арендованные классы и восстановленный детский сад в посёлке Инженерный, Лицей постепенно вырос, открыв отдельный корпус для старших классов в Третьей Охоте. За годы менялись поколения учеников, но принцип остался прежним: это школа для ребёнка, где сотрудничают, а не принуждают, учат мыслить самостоятельно и бережно относятся к свободе и развитию личности.